周恩来虽然以他那特有的大智大勇，在党中央的集体领导之下，胜利地扑灭了由于顾顺章叛变投敌所引起的这场灾难，但是，他作为政治家又不得不正视这样严酷的现实：三年多以来在敌人内部所建立起来的力量，绝大部分遭到了破坏，许多好不容易才打入敌人内部的同志不仅暴露了身份，而且在上海再也难以存身。怎么办？为了保存党的骨干力量，这批长年战斗在隐蔽战线上的同志，如陈赓、李克农、胡底，以及打入敌人内部的钱壮飞等必须撤出上海，分散转移到全国各地去。这就意味着负责保卫党中央安全、营救被捕同志的原有的中央特科必须进行改组。为此，周恩来历经深思熟虑，并报请党中央批准，及时地调整了“中央特别委员会”，重新组建了中央保卫机关的领导机构。新的中央特科由陈云负总责，康生从旁辅佐。可是由谁接任即将撤离上海、时任中央特科二科科长的陈赓的职务呢？周恩来与陈云等有关的中央领导同志，不约而同地想到了潘汉年。就在重组中央保卫机关的第一次会议上，周恩来代表党中央郑重地宣布：新的中央保卫机关由陈云、康生、潘汉年三人组成，由陈云负总责，并兼任一科科长，直接领导总务、财务、交通等项工作；康生副之，兼任三科科长，直接负责指挥、执行保卫或警报工作；潘汉年担任二科科长，负责搜集情报、侦察敌情以及反间谍等方面的工作。从此，潘汉年完全脱离了党的文化战线的领导工作，成为党的职业化的情报工作的领导人。