袁世凯死后，皖系军阀和直系军阀之间的矛盾加深。皖系军阀段祺瑞以国务院总理的身份掌握着政府实权，这不仅招致北洋军阀内部，连北洋系以外的其他势力也对此极其不满。1917年7月，孙中山在广州发动护法运动，段祺瑞以国务院总理身份敦促直系军阀南下作战。但直系军阀在前线擅自停战，吴佩孚更是孤军千里北上，皖系军阀与直系军阀的矛盾至此不可调和。
皖系军阀与直系军阀明争暗斗的时候，还有一股力量在东北悄然崛起，这就是以张作霖为代表的奉系军阀。严格意义上说，奉系军阀并不是北洋系的嫡系，但张作霖的发家，始终都离不开北洋系的支持，而他的身上，也秉承着北洋系一以贯之的武夫当国思维。直皖战争爆发时，直系军阀选择与奉系军阀结盟，从而打败了皖系军阀，直系军阀曹锟入主北京城。
直系军阀上台以后，开始鼓吹要以武力统一全国。这无疑遭到了其他军阀的反对，并以“民主自治”和“联省自治”的名义进行对抗，刚刚与直系军阀共同打败皖系军阀的张作霖，就在这个时候表达了不满。在组阁等问题上，奉系军阀和直系军阀原本就产生了矛盾，而武力统一政策则成为导火索。
1922年4月，奉系军阀和直系军阀爆发了第一次直奉战争，直系军阀将领吴佩孚指挥若定，直系军阀赢得胜利，独揽中央政权。奉系军阀则退回关外，宣布“闭关自治”。